Полторы тысячи стрельцов, вооруженных артиллерией, осаждали стены монастыря. Из Москвы приезжал уже третий царский воевода. Шли непрерывные бои, но тщетно! Царские войска так ничего добиться и не могли! И так прекрасно было налажено хозяйство монастыря, так бесперебойно снабжался он питьевой водой из озер, так велики были запасы муки и зерна в его закромах и, самое главное, так безгранично было мужество осажденных, что они, зажатые в каменные объятия гранитных стен, смогли продержаться восемь лет. Крепость так и не была взята штурмом. Неизвестно, чем бы закончилась эта беспримерная осада, это знаменитое «соловецкое сиденье», если бы монах-перебежчик предатель Феоктист не донес врагам о существовании тайного подземного хода, ведущего от кладбищенской церкви под Белую башню. Ночью 22 января 1676 года царские стрельцы воеводы Мещеринова проникли в здание сушила, проломили стену, где она была едва заложена кирпичом, и ворвались в монастырь.
Осажденные были застигнуты врасплох. Начался кровопролитный бой, но силы были слишком не равны. В бою погибли почти все защитники крепости. Из оставшихся в живых 60 человек 28 были сразу казнены. С остальными расправились позднее. Мятеж был потоплен в крови.
Соловецкое сидение обернулось трагедией. Монастырь был разорен, и потребовались долгие годы, чтобы он смог вернуть свою былую славу и богатство.
Так единственный раз за все время своего существования Соловецкий монастырь был взят и, по иронии судьбы, не чужеземными, а своими же, русскими войсками, да и то в результате предательства.
Петр I два раза посетил Соловецкий монастырь. Первый раз он прибыл в северную крепость России в июне 1694 года на своей двенадцатипушечной яхте «Святой Петр». По выходе из Архангельска утлое суденышко попало в сильнейший шторм. Фарватер был узок и проходили между подводными скалами, и только смелось и искусство лоцмана помора Антипа Тимофеева спасли плывущих от неминуемой гибели. Петр щедро наградил помора и в память о своем спасении собственноручно соорудил трехметровый деревянный крест и установил его в том месте, где они пристали к берегу.
Три дня пробыл Петр на островах, осмотрел крепость, познакомился с монастырским хозяйством, побывал в его замечательной библиотеке и одарил монахов.
В 1700 году началась Северная война. Поморье было недостаточно укреплено и там хозяйничали шведы. Русская армия потерпела крупное поражение под Нарвой. Настоятельно требовалось оградить от нападения Архангельск, важнейший северный порт, морские ворота России, единственную верфь для постройки военных кораблей.