Сейчас ведутся работы по воссозданию всего ансамбля Соловецкого монастыря по разработкам группы реставраторов под руководством известного исследователя архитектуры Соловков архитектора О. Д. Савицкой.
Раньше в Преображенском соборе находился прекрасный резной и позолоченный иконостас, подаренный Петром I. В нем были ценные старые иконы. Иконостас погиб во время пожара храма, но несколько икон удалось спасти. Они находятся в Третьяковской галерее, Рублевском, Историческом и других музеях.
Начали строить Преображенский собор в 1558 году, через год после окончания Успенского. Всего за восемь лет было завершено строительство этого грандиозного храма. Освятили его уже после отъезда игумена Филиппа, вызванного в Москву, где он был избран митрополитом всея Руси. С этого времени в Соловецком монастыре был уже не один собор-крепость, а два.
Вскоре оба храма соединили подземным ходом, что диктовалось прежде всего военными соображениями. Прокопать, а вернее пробить широкий туннель, да еще в скальном грунте вручную было очень трудно. А узкие и низкие темные подземные ходы обладали малой пропускной способностью и не обеспечивали быстрый переход монашеской братии из одного собора в другой. Поэтому решили объединить оба собора крепости еще и широкой, светлой и удобной надземной галереей.
Строить галерею начали в 1602 году. К этому времени уже закончилось возведение крепостных стен, башен и надвратной Благовещенской церкви над Святыми воротами. В первую очередь была сооружена широкая двухэтажная открытая галерея, соединяющая соборы. Нижний ее этаж построен, так же как и крепостная стена, из диких, гранитных валунов с циклопической кладкой. Второй этаж раньше представлял открытую галерею, построенную из кирпича. Она была покрыта двухскатной деревянной крышей, опирающейся на кирпичные столбы. Из кирпича сделаны и профили громадных арок первого этажа галереи, соединяющих Большой монастырский двор с внутренними двориками между храмами. К этому же времени относится постройка большой паперти Преображенского собора. В ее южной части находилась палата, в которой размещалась ценнейшая библиотека Соловецкого монастыря.
В конце ХVIII века проемы между кирпичными столбиками галереи были заложены и она превратилась в закрытую. Получились надземные теплые коридоры, соединившие все основные строения, сооруженные в монастыре в течение ХVII и ХVIII веков и позволяющие пройти в любое помещение, не выходя на открытый воздух.