Со второго этажа по узким каменным лестницам, сделанным в толще стены собора, можно подняться на верхний ярус — чердак. Лестницы освещаются крошечными оконцами. Тут можно увидеть отверстия каналов для теплого воздуха, поднимающегося снизу. На восточной стороне чердака виден огромный восьмигранный барабан (только здесь можно почувствовать, как он велик).
По четырем углам чердака расположены башни. В них раньше находились небольшие церковные приделы. В старину башни, по всей видимости, использовались и как дозорные.
Окна-бойницы хорошо защищали бойцов. Чердак разделен на две неравные части стенкой — аркадой. Отсюда, с громад ной высоту, великолепно видны и все постройки монастыря, и Белое море с многочисленными островками, и Святое озеро и дорога на Секирную гору.
По башенкам собора и, следовательно, асимметрично большому барабану были размещены четыре барабана малых главок. Это еще одна любопытная особенность Преображенского собора.
Обычно изображают храм с восьмигранным барабаном, увенчанным большой, довольно грузной главкой. Но более вероятным представляется облик Преображенского собора, каким он выглядит на некоторых старых гравюрах. Там завершение храма показано в виде восьмигранной башенки, которую венчают высокий шатер-шпиль с небольшой, но очень выразительной главкой. Думается, что такое завершение собора наиболее логично и правдоподобно и особенно хорошо подчеркивает идею его устремленности ввысь.
В начальный период существования Спасо-Преображенского собора, видимо, и было такое шатровое завершение. Об этом свидетельствуют не только древние изображения собора — они часто условны и только на них полагаться опасно. Но об этом же говорят и глубокие гнезда для бревен шатра, найденные в толще стенок восьмигранного барабана. Возможно, что первоначально существовавший шатер был заменен главкой после особого указа патриарха Никона, запрещавшего шатровые завершения в церквах.
Вообще все строения Соловецкого монастыря подвергались множеству перестроек, искажений, и представить точно их первоначальный вид в настоящее время невозможно. Существует много реконструкций Преображенского храма. Одна из старых реконструкций, хотя и оспариваемая многими, принадлежит исследователю архитектуры Соловецкого монастыря П. Н. Максимову.