Более сложную природу образования и характер концентрации имеют полезные ископаемые эндогенного происхождения. Они разделяются на две большие группы.
На протяжении длительной геологической истории Земли неоднократно расплавленная магма поднималась из глубин планеты и застывала на ее поверхности. Излившиеся и застывшие на поверхности земли породы получили название эффузивных (от греч. ef-fuzio — растекание). В том случае, когда магма застывала на глубине, образовывались интрузивные (от греч. intrusis — вталкивать) горные породы. Вместе с магматическим процессом протекали так называемые гидротермальные (от греч. hidor — вода, thermos — теплый) и метасоматические (от греч. meta — между, soma — тело) процессы. Первые вызваны деятельностью горячих водных растворов магматического происхождения, а метасоматические процессы возникают в результате взаимодействия горных пород осадочного или магматического происхождения с горячими водными растворами. При этом происходят сильнейшие изменения первичного состава горных пород.
Благодаря действию этих процессов образуется целая гамма разнообразных по минеральному и химическому составу горных пород, каждая из которых является вместилищем определенного полезного компонента.
В зависимости от содержания кремнезема магматические породы подразделяются на кислые, средние, основные и ультраосновные. С кислыми интрузиями (граниты, гранодиориты и др.), в которых много кремнезема, связаны руды железа, меди, золота,, вольфрама, молибдена, ниобия, тория, бериллия. Для жильных изверженных пород кислого состава — пегматитов — характерны концентрации редких и рассеянных элементов — лития, цезия, бериллия, ниобия, тантала, циркония, тория, урана и др.
В щелочных интрузиях богато представлены ниобий, редкие земли, барий, циркон. Интрузивные и эффузивные породы основного и ультраосновного состава (дуниты, базальты, перидотиты, пироксениты, диабазы) богаты хромом, никелем, кобальтом, платиной, алмазами.
В результате действия высоких температур, давления и протекающих при этом обменных химических реакций образуются метаморфические месторождения полезных ископаемых. В гнейсах, кристаллических сланцах, кварцитах и роговиках концентрируются такие минералы, как графит, корунд, тальк, серпентинит, хлорит. С метаморфическими процессами связано образование ряда месторождений железных, вольфрамовых, молибденовых, золотоносных, кобальтовых, оловянных и некоторых других руд.