Франк, в честь которого ученик Франка Брунхорст назвал описываемое им образование Frankia subtilis, присоединился к мнению, отказавшись от своей первоначальной точки зрения, что внутри клубенька поселился гриб. Он писал: «То образование, которое называют Frankia subtilis, я не могу отнести к грибам, но думаю, что оно грибного происхождения, лишь выродившееся благодаря влиянию обмена веществ постороннего растения, скорее не самостоятельный организм, а нечто, ставшее составной частью растения, приближающееся к окончательной потере своей индивидуальности».
Таким образом, вопрос о бактериальной природе клубеньков в 1885 г. был решен отрицательно. В связи с неудачами получения чистых культур микроорганизмов клубенька стали даже возникать сомнения в правильности результатов Гельригеля. Вопрос о микробиологической природе клубеньков был окончательно решен лишь благодаря исследованиям выдающегося голландского ученого, блестящего экспериментатора Мартина Вильяма Бейеринка (1851—1931), представителя всемирно известной Дельфтской школы микробиологов.
Смотрите также: Влияние бобового растения-хозяина на клубеньковые бактерии
Его работы имели фундаментальное значение для развития почвенной микробиологии и внесли существенный вклад в изучение всех основных групп почвенных микроорганизмов. В лаборатории Дельфтской Политехнической школы он занимал должность профессора бактериологии. Совместно со своими ассистентами, многие из которых стали впоследствии известными микробиологами, Бейеринк открыл ряд новых микроорганизмов со специализированными функциями: симбиотических и свободноживущих азотфиксаторов; бактерий серуокисляющих, сульфатредуцирующих, денитрифицирующих. Занимался он также ферментами дроншей, молочнокислым, уксуснокислым и ацетонобутиловым брожениями, гидролизом мочевины, изменчивостью микроорганизмов, актипомицетами, вирусами и другими не только микробиологическими, но и ботаническими вопросами. Вместе с Випоградским он по праву делит славу в создании принципа обогатительных (накопительных) и эклективных культур, формировании экологического направления в почвенной микробиологии, исследовании азотфиксирующих микроорганизмов. Как Пастер и Кох, так и Виноградский и Бейеринк идут рядом в истории микробиологии.