Сама дороговизна книги делала пожертвование ее монастырской библиотеке существенным и ценным вкладом. Цари, их приближенные, патриархи церкви, богатые люди и знать — все делали книжные вклады в библиотеку Соловецкого монастыря. В ней находилось более десяти книг, подаренных Иваном Грозным, в том числе «История иудейской войны» Иосифа Флавия, «Псалтырь», принадлежавший самому Зосиме; книги, подаренные советником Ивана Грозного священником Сильвестром; вклады Федора Колычева; «Апостол» 1586 года. Книги дарили и князь Дмитрий Пожарский, и келари Троице-Сергиева монастыря Авраамий Палицын и Александр Булатников. Последний подарил много ценнейших рукописных книг, в том числе «Житие Зосимы и Савватия» 1623 года.
Старая ризница становится уже недостаточно большой, чтобы вместить все эти богатства. Строится помещение для библиотеки и новая ризница под Никольской церковью. Во второй половине XIX века сокровища Соловецкого монастыря оценивались уже в 10 миллионов рублей.
Многие из высокохудожественных и наиболее ценных предметов Соловецкой ризницы и сейчас украшают замечательные коллекции Оружейной палаты, Эрмитажа и других музеев нашей страны.
Почти все собрание рукописных книг библиотеки Соловецкого монастыря сохранилось. Во время войны 1854—1855 годов по распоряжению синода книги (1356 рукописных и 83 старопечатных) вместе с драгоценностями монастыря были переправлены в Антониев-Сийский монастырь на Северной Двине.
В 1856 году драгоценности вернули в Соловки, а библиотеку направили в Казанскую духовную академию, считавшуюся тогда центром по изучению старых рукописей. В 1928 году все книги Соловецкой библиотеки были переданы в Государственную Публичную библиотеку им. М.Е Салтыкова-Щедрина в Ленинграде, где они сейчас и находятся.
К началу ХVII века обстановка на севере страны осложняется. Шведы пытаются овладеть морским путем, по которому идет торговля между Россией и Европой. Все чаще появляются у рейда возле Бухты благополучия шведские парусные военные корабли. Караульные в монастыре наверху Корожной башни не сводят глаз с «голомяни» — с открытого моря.
Образуются дружины «черноризцев», монахи получают воинские звания — сотников, десятников, пушкарей. И так же как и солдаты, воины-монахи на случай военного положения расписываются по своим постам. Присланные стрельцы и пушкари, дружинники «черниговцы» подчиняются игумену — настоятелю монастыря, который единолично руководит своими войсками и в мирное, и в военное время.