На территории монастыря есть церкви. Первая из них — это надвратная Благовещенская церковь, украшающая Святые ворота и примыкающая к зданию настоятельских келий. Она сейчас реставрирована и представляет четверик, который завершает четырехскатная крыша, увенчанная гладким барабаном с главкой, покрытой лемехом.
Особняком стоит церковь, названная Филипповской в память о митрополите Филиппе. Она находится в южной части монастырского двора. Церковь построена на месте старой деревянной Филипповской в 1798 году и представляла собой высокий каменный восьмерик, стоявший на четверике. До нашего времени дошел только нижний четверик здания и начало его второго, восьмигранного яруса.
Фасад Филипповской церкви украшен пилястрами, между которыми находятся большие арочные окна с простыми наличниками. Над окнами расположены круглые люкарны второго света. По середине — небольшой фронтон, под которым проходит карниз, украшенный кирпичными «сухариками», как и у других поздних кирпичных зданий на Соловках. В сохранившейся части восьмерика грани его отделаны четырехугольными нишками и по углам — пилястрами. Здание подвергалось поздним переделкам, но даже и сейчас оно довольно нарядно. Колокольня Филипповской церкви находилась на башенке, стоящей на трапезной.
Поздним вечером с Белой башни или с крепостной стены открывается панорама на Филипповскую церковь и Преображенский собор — панорама сурового средневекового замка, освещенного огненным светом зари. Своеобразен и живописен внутренний угол в месте примыкания жилых зданий, находящихся против Филипповской церкви. Огромный, дощатый треугольный навес, ритм окон здания, яркая зелень травы придают ему необыкновенную выразительность.
Читайте также: Троицкий собор Соловецкого монастыря
В южном дворике возле Белой башни находится знаменитая водяная мельница Соловецкого монастыря. По замыслу Колычева вода из системы озер стекала в Святое озеро, являвшееся огромным сборником. Из него по подземному каналу она поступала на подливное колесо и приводила в движение мельничные жернова и толчею, установленные на втором этаже мельницы. Часть поступающей воды расходовалась на хозяйственные нужды, приготовление пищи и для питья. Избыток воды сбрасывался также по подземному каналу в Белое море. И сейчас слышен шум воды, стекающей по каналу.
В ХVIII веке к зданию мельницы была сделана пристройка, а в 1828 году мельница была расширена и усовершенствована. В ней установили еще три жернова, крупорушку, толчею и через привод подсоединили сукновальную машину, находившуюся в соседнем здании.